アトピー性皮膚炎などのアレルギーと同様、花粉症も免疫のバランスが乱れることによって起こります。自然免疫の司令塔であるマクロファージをLPSで活性化することによって、バランスが整い、花粉を抑制する効果があります。
下の実験は、マウスに花粉を与えて花粉症にする実験中に、LPSを与えた場合と与えない場合とで、花粉症の症状（鼻をかく回数）の程度を比較したもの。LPSを摂取しないマウスに比べ、LPSを摂取したマウスは、鼻をかく回数が格段に減少しました。 これにより、LPSは花粉症の抑制にも効果があることがわかりました。